困難なテンプレートのシーケンシング

困難なテンプレートは、その二次構造、大きなサイズ、高GC含量、そして他の内在性要素が原因で、シーケンシングにおける課題となる場合があります。標準的なDNAシーケンシングプロトコルは境界型のケースに対しては問題なく機能することもありますが、困難なテンプレートについてはAzentaが特別に開発した代替プロトコルが最適です。

困難なテンプレートを対象としたAzentaの代替プロトコルは、反復を避けることで時間と費用を節約できるようになっています。

困難なテンプレートの代替プロトコル

代替プロトコルの利点を得られるテンプレートの例として、以下が挙げられます。

GCリッチ： GC含量が60%を超えるテンプレート、または小さな領域に高GC含量が集中しているテンプレート
ヘアピン構造： 2つの逆位反復（少なくとも3個のヌクレオチドによって分離）が含まれる配列
反復： 特定のジヌクレオチド反復またはトリヌクレオチド反復
バンド圧縮の原因となるモチーフ 主に5'-YGN1-2ARモチーフ（Y：ピリミジン、R：プリン、N：任意の塩基）
細菌人工染色体（BAC）： サイズが50 kbを超えるあらゆる構造体

テンプレートの例

事例1：小ヘアピンRNA（shRNA）テンプレートシーケンシング

RNAiの研究で用いられる小ヘアピンRNAテンプレートは、その二本鎖またはヘアピン構造が原因で、シーケンシングにおける難題（早期停止や不明瞭性など）となることがよくあります。当社独自のRNAiプロトコルでは、お客様に優れた結果を生み出すことができるため、時間と費用の節約になります。比較として、以下のクロマトグラムをご覧ください。

事例2：反復 / GCリッチテンプレートのシーケンシング

反復 /GCリッチテンプレートには特殊な二次構造が含まれており、融点も異なります。高GC含量およびヘアピン構造を含むDNAは変性が比較的難しく、非常に困難なシーケンシングとなります。

当社独自のヘアピン / GCリッチプロトコルでは、シグナルを強化し、GC領域のピーク高を均一化させることで、優れた結果が生み出されます。

50 kbを超える構造体を対象としたBAC末端シーケンシング

細菌人工染色体（BAC）、コスミド、フォスミド、バクミドなどの大型の構造体は、そのサイズとテンプレート内のノンターゲットDNAの干渉が原因で、従来のサンガーシーケンシングプロトコルでは厄介な存在となっていました。Azentaが独自に開発したBACプロトコルでは、これらの大型の構造体を直接シーケンシングする際に直面する課題を克服していることから、標準のプロトコルよりも成功率が高まっており、長いリード長も効果的に取得できます。

BACプロトコルについて詳しくは、当社の技術サポートにお問い合わせください：

電子メール | 電話（03-6628-2950）

先端技術
Azentaは、処理が難しいテンプレートを伴う作業を成功に導くために社内開発された、改良プロトコルを用いた難解テンプレートシーケンシングサービス（上記を参照）を提供しています。これらの代替プロトコルは、その長年にわたる現場での使用により、クラス最高の結果がもたらされることが実証されています。

個別コンサルティング
Azentaは、技術サポートチームが個々のお客様に科学的コンサルティングとカスタム式ソリューションを提供することで、お客様に特有のDNAシーケンシングニーズを満たします。

技術サポート
博士号を持つ複数の科学者から成る当社のフレンドリーな技術サポートチームが、お客様の問題を解決できるよう親身になってご相談に乗ります（月～金曜日の午前8時～午後8時（東部標準時））。 Azenta技術サポートは、お客様が週末にかけて研究を進められるよう、土曜日にも結果を掲載いたします。

注文方法

*同日サービスをご利用になる場合、東部標準時（EST）の午前10時までにサンプルがGENEWIZニュージャージー研究所に届く必要があります。直接的シーケンシングテンプレートについては、同日サービスはご利用になれません。